治权力分散在各路军阀手中，不仅中央不能控制各省，甚至省不能控制下属各县。督军团横行无忌，立法、行政、司法机构大多徒具形式，中央政府只能在对外关系上勉强代表着国家。
1916年6月6日袁世凯死，黎元洪出任大总统。黎元洪继任大总统之后，《临时约法》、国会等民主形式也已恢复。段祺瑞以国务总理身份把持北京政府实权，但他不能缓和北洋派与其他派别以及北洋派内部的矛盾。首先引发的是府院之争，手无实权的总统府敢与大权在握的相抗衡是因为得到部分国会议员及对段不满的派别的支持，到1917年春因对德参战案达到。黎元洪解散国会，免去段祺瑞的职务，段立即煽动督军团叛乱，并阴谋在天津另组政府。正值此际，张勋复辟发生，段率兵打败张勋。冯国璋任代理大总统，段祺瑞得以“再造共和”，把持中央政权。皖系政府对外以参战为名，签订了中日军事协定，借款编练参战军；对内奉行武力统一全国的政策。后来段祺瑞废除《临时约法》，由皖系安福俱乐部包办国会选举，1918年8月成立新的国会，选北洋元老徐世昌为大总统，派兵讨伐南方护法运动，皖系势力发展到了最高峰。
武力统一全国的政策，遭到南方革命派的反对。1917年7月孙中山南下广州发起护法运动。他没有提出发动民众的切实方案，自己另立的政府也破坏了统一，更重要的是手头无军队，只能依靠西南军阀唐继尧、陆荣廷等人，而唐、陆等人的目的则是借机扩充势力。孙中山最后被排挤，不到一年即辞职。南北武力对峙演化为争权夺利的议和。
皖系虽然控制了北京政府，但不能控制北洋各派，对非北洋系的西南军阀更是鞭长莫及。皖系军阀扩张的同时，其他大小军阀也在扩充各自的实力，直、奉两系的扩展尤其迅速。直系兵精械足，不甘久居人下，首先在与南方军政府作战问题上与皖系发生矛盾。直军在前线自行停战，其停战主和言论，迎合了全国人民渴望和平的心理；直系极力攻击皖系卖国，一时又赢得了人心。1919年巴黎和会时，皖系政府的表现导致五四运动的爆发，使它陷于完全孤立的境地。直系在政治、军事上都占据优势，第一次世界大战结束后，西方列强卷土重来，压制日本的扩张，依靠英美支持的直系在与皖系的争斗中又多了一重筹码。1920年7月，直皖战争终于爆发。皖系战败，直系入主北京政府，皖系统治时期结束。
直系统治时期
（1920～1924年）
直皖战争爆发，直系与奉系结盟，未及半月，皖系即败下阵来，直系曹锟、吴佩孚成了北京政府的新主人。直系是打着反对皖系武力统一的旗号上台的，然而
当他们上台后，就以中央政权的名义实行武力统一政策。这一政策遭到一切非直系的反对，纷纷以“民主”、“自治”、“联省自治”以及其他各种名义对抗。首先与之发生矛盾的是昔日倒皖的盟友奉系。双方起先共同控制着北京政府，但因胜利果实分配不均，在组阁等问题上互相指责，矛盾愈演愈烈。1922年4月，爆发了第一次直奉战争，结果直系击败奉系，独占了中央政权。
直系击败奉系之后的直系脱下“爱国”、“进步”的伪装，镇压工人运动，造成“二七”惨案，暴露了它的敌视人民的本相。他们先打着“恢复法统”的旗号，恢复国会，逼徐世昌下台，迎黎元洪复任大总统。继之又对黎元洪“逼宫夺印”，接着直系便高价收买国会议员，于1923年10月通过贿选，收买“猪仔议员”，让曹锟当上了大总统，搞得举国哗然，丧尽民心。反直的一方，奉系败退出关后，宣布“闭关自治”，锐意整军经武，实力大增，皖系不甘寂寞，企图卷土重来；南方的孙中山准备北伐，也在寻找盟友，由此形成了孙、皖、奉“反直三角同盟”。直系内部则因争权夺利而四分五裂，冯玉祥部自成一派，且与反直一方暗通款曲。1924年9月，以江浙战争为前奏，第二次直奉战争爆发，奉军大举进攻，直军作战不利。10月，冯玉祥发动北京政变，囚禁曹锟，直系腹背受敌，吴佩孚失败南下，直系军阀统治时期告终。
奉系统治时期
（1924～1928年）
直系垮台后，奉系控制了北京政权。他们抬出皖系首领段祺瑞为临时执政，实际则在背后ca纵。段祺瑞提出
召开“善后会议”，但解决不了任何实际问题。各派军阀之间争权夺利，纵横捭阖，敌与友之间根本无一定之分。北方的奉系与冯玉祥国民军系首先发生矛盾，这一矛盾的激化，又使奉系与吴佩孚重新携手，共同反冯，1926年初将冯部挤出华北。奉系内部，郭松龄于1925年底联合冯玉祥倒奉，由于日本的干涉而失败。同时，东南孙传芳与奉军激战，一跃而为五省霸主。到1926年4月，段祺瑞下台，其后奉、直两系在围攻后起造反派国民军的共同目标下“联合”起来，暂时建立了他们在中国中部和北部的统治，并组成直系和奉系军阀势力所控制的北京政府，这个政府由内阁“摄政”。
这时，南方国民革命兴起，经过五卅运动，形成全国性的革命造反，使广东革命军的北伐时机成熟。1926年7月，北伐开始，北伐军先打吴，再攻孙，最后击奉，各个击破，不到一年，即控制全国半壁江山。
北洋军阀政府在面临失败的最后关头，仍不愿意自动退出历史舞台。1927年6月，张作霖在北京组织安政府，自任大元帅，企图联合各派军阀，进行最后挣扎。然而为时不久，国民党各派再度联合继续进行所谓后期北伐，张作霖见大势已去，遂于1928年6月下令退出京津一带，向东北收缩。他本人在回沈阳途中，行至皇姑屯被日本关东军预埋的炸弹炸死，史称“皇姑屯”事件。1928年6月8日，国民党军队进入北京，北洋军阀政府在中国的统治最后结束。同年12月29日，张学良宣布“东北易帜”，全国实现了形式上的统一。
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