整整大半年，徐再生所有的精力，都投在苏松二府的基础工商发展上。私掠许可证的实行，使得海疆虽然混乱，但却不会再有人把目光盯到他正在逐渐发展壮大的海军上。
即使某些小海盗领了私掠许可证横行不法，徐再生也只需发布通缉悬赏令，立马就会有如狼似虎的海盗们，到处抢食。如此举措虽然也会使得海盗实力坐大，等沿海平静后，将难以控制。但徐再生目前还是很有把握。如果驾驭得当，这些海盗，还将会成为他争霸海洋的先锋。
大量的税银投到苏松二地的建设上，由于优厚的生活条件及待遇，大量的北地流民相继涌入。免税政策的实施，更加使得工商业蓬勃发展。而日月钱庄纸币的大力推广，更是传播到苏松二府之外。如此方便保值且信誉度极高的纸币，很快受到大量商贾们的欢迎。
徐再生奏请朝廷批准，对苏松二地的卫所边军，守城军进行改变。淘汰老弱，其余编入巡防营，主管各地治安巡逻，缉盗搜捕。
同时，在奏请朝廷的同时，他迅速对麾下军队进行扩建改编。
有明一朝，实行的是以文统武。明初实行军权分制，都指挥使司练军，兵部掌军，只有皇上才可调兵。这样虽然防止了唐末的藩镇之乱，但也极大地限制了军队的战斗力。
后期卫所崩坏后，镇戍制成为主流。负责统兵的武将主要是总兵、参将。游击，守备等。即使这样，诸将还是有着牵制。总兵统参将，参将统守备，副总兵佐总兵，游击听命于总兵、巡抚。
这样彼此制约，大大影响军队地战斗力，绝非徐再生想要的。
他把原先的军制全部撤销，按照后世先进科学的三三军制，设立军-卫-营-所-旗-哨-队编制。每队12人。每哨统三队，每旗三哨，自上而下，逐级节制，类似于现代师旅团营连排班的编制。每军步兵二卫，骑兵一卫，另辖炮兵一营，工兵一营。辎重一营，共计一万二千将卒。
总督府下建三军，将官职名不变，依次为总兵。参将，游击，守备，千总。把总，领队。第一军总兵官为夏广复，第二军总兵官为李四海。第三军总兵官为韩章。孔有德的雇佣军，不在新军编组之内。
三军统归总督府节制，另外总督府组设参谋部，王重，普克等一干幕僚及洋人教官，进入参谋部，赞佐号令，参画机宜。此外设军纪官。督军官。书记官，总军法官。总军需官，总军械官，总军医官，总马医官，稽查官若干。
在发展生产，改组军队的同时，他还在各地设立蒙学，小学，中学。要求所有适龄孩童，必须入学，家境贫寒者，可免去学费，实行九年的基本教育。除了中国传统的国学精粹外，主要开设六艺课程，礼，乐，射，驭，书，数。在小学时，增设西学启蒙课。中学时，开设基本的物理，化学，自然天文学，生物地理学等西方科学。
另外开始筹建大学，招募各地年轻士子，深入学习西方地自然科学，并对相关国学分系，以供学子们继续研读。
这些事情，整整忙碌了近一年时间。除了把所有的海税所得砸进去外，还依靠发行纸币，借举债券，筹措资金，才是一切不虞半途而废。
一切步入正轨，徐再生所做的，只是引导作用。犹如一个掌舵者，他需要他的命令，可以得到严格的执行，而不要产生太多的干扰。
以前实力弱小，顾忌许多。现在编组三军近四万军马，相信朝廷即使对他极为不满，也只能忍气吞声。
可刚刚达到的一纸诏书，却让徐再生陷入了左右为难。
诏令领军镇守中都，不虞皇陵有危。与诏书同来的，还有神机营彭有谟一部将士。
如果历史记忆不差地话，农民军张献忠就是在年初，攻陷凤阳，焚烧皇陵，天下震动。古人最忌讳祖坟，你说一个皇上的祖坟都被人烧了，那带来的打击，对百姓们的信心是多么毁灭性地。
看来，最终还是避免不了与农民军敌对啊！是该时候，乱起风云了。
虽然徐再生知道张献忠是攻打了凤阳，但具体时间，却模糊了。所以收到诏书后，徐再生立马召集诸将军议。决定亲率第一军和孔有德七千雇佣军，协同神机营一千将士，共二万人马，由长江直进巢湖。入庐州，而后北上凤阳。
留下王重等幕僚，第二军李四海等驻守苏松二府，护卫境安。第三军总兵官韩章统帅海军，巡守海疆，堤防南方的异动。
崇祯八年正月，新春才刚刚结束，大军
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