倭名将俞大猷、汤克宽等率军在王江泾（今浙江嘉兴北）歼灭倭寇19oo余人。明军乘胜追击在苏州平望等地又歼逃倭千人。接着俞大猷率军进剿平湖歼倭16oo余人。公元156o年（嘉靖三十九年）参将戚继光针对沿海卫所兵战斗力低的情况亲自在义乌等地招募矿夫、农民4ooo多人训练成闻名的“戚家军”并根据对倭作战特点创造出攻防兼宜的“鸳鸯阵”屡次打败倭寇。公元1561年（嘉靖四十年）4月倭寇万余、战船数百艘大举入侵台州戚继光率军九战皆捷全歼倭寇。9月总兵卢镗、参将牛天锡等分别率军在宁波、温州歼倭14oo余人。次年戚继光率6ooo精兵援闽捣毁倭寇在横屿岛（今宁德东）等地巢穴斩倭26oo余人。公元1563年（嘉靖四十二年）福建巡抚谭纶、总兵俞大猷、副总兵戚继光分别率兵围攻倭寇斩杀22oo余人溺死无数。同年冬倭寇万余人围攻仙游。次年2月戚继光率军驰援大战城下倭寇败逃。戚家军乘胜追击在同安、漳浦斩倭数千人溺死焚死数千人逃走者仅千人。至此入侵福建倭寇基本荡平。此后俞大猷和戚继光又分别率军剿平流窜广东沿海的倭寇。公元1566年（嘉靖四十五年）东南沿海的倭寇基本消除。
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