闵溶战死卢镗再次被夺职戴罪。
嘉靖三十五年(1556年)兵部右侍郎兼总督江浙事务的胡宗宪荐擢卢镗协守江浙副总兵倭寇海盗攻陷仙居又进犯台州(今浙江省)卢镗在彭溪将敌击败擒获据大隅岛海盗头子的弟弟辛五郎。又与胡宗宪共同剿灭占据海岛的通倭海盗徐海、陈东、麻叶等部。嘉靖三十六年(1557年)卢镗在舟山(今属浙江)召见日本使者妙善让他协助擒拿汪直汪直从此与倭寇生矛盾后终被诛杀。倭寇进犯江北卢镗率兵驰援于海门将寇击溃又击毁北洋倭船2o余艘余倭敛舟龟缩三沙(今属上海市)。
嘉靖三十八年(1559年)倭寇复流劫江北屡袭官军卢镗与协守浙江副总兵刘显围敌于刘家庄一举歼灭。而凤阳巡抚兼督江北军务李遂却弹劾卢镗等纵贼为患。卢镗这时已提升为都督佥事兼江南、浙江总兵官嘉靖帝闻奏令夺职视事。后通政唐顺之都督江浙军务极力引荐复职如初。三十九年(156o年)廷论诛汪直有功晋都督同知。四十年(1561年)倭寇再举进犯浙东卢镗与参将牛天赐破敌于宁波、温州。后来连续水6十余战歼敌14oo多人浙东倭乱遂平。总都胡宗宪以荡平功奏报朝廷给卢镗增加俸禄、赐赍金帛作为奖赏。嘉靖四十四年(1565年)胡宗宪被劾逮捕入狱因卢镗是由胡宗宪擢用并报功请赏的也被视为胡宗宪的同党。于是给事中丘舜弹劾卢镗抗倭督师不力作战失利等八大罪奖逮治下狱后又罢免罪遣归。万历五年(1577年)在家去世年73岁。即葬家计萧然清贫如贫民世人叹其清廉。
《明史-俞大猷传》中称:“(卢)镗有将略。倭难初兴诸将悉望风溃败独(卢)镗与汤克宽敢战名亚俞(大猷)、戚(继光)云”。虽屡遭冤诬贬谪戴罪军中但抗倭荡寇志不稍减备占督军如常是名垂青史的一代抗倭名将闽、浙人民一直都在纪念他。
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