1865年来临了。为了南下作战的需要对部队进行了整编补充。在对湘军作战之初第一师和第三师的大批老兵骨干就被抽调补充第二军部队甚至整连整营成建制补充到第二军各师及其刘奋战第二师。随即将地方部队和部分民兵补充进主力部队。部队人数增加。军校教导队培养军官和士官加民兵日常训练储备后备兵员的制度大显威力。到了年底人员被大批抽调的第一师、第三师人数不但没有减少反而训练出了更多新部队。成了前方的部队选练基地。
为了大举南下西进统一全国。必须改变这种临时抽调的办法。
1月份军委会下达了中华军部队整编命令。
以在华北的第一师为基本成立第一兵团将直隶、山东、山西一些地方部队纳入野战军体系并从民兵中征召一部分人员参军。第一兵团下设5个师防区包括京津、直隶、山东、山西。总兵力约5万人。第一兵团司令由辛兴担任。
第一骑兵师并入绥远军区该军区负责内外蒙古区域的防务共有4个师野战部队其中两个骑兵师。总兵力4万人。董天赐任军区司令员耿仲民任副司令员刘根任政治委员。
以第二军第五、第六、第七为基干组建第二兵团第二兵团下设军一级单位第一军下属四个师总兵力4万人第二军下属三个师总兵力3万人。**担任兵团司令严学文兼任政委。朱贵任参谋长。第一军军长赖文光（暂时因学习未到任由朱贵暂时兼任）。第二军军长姚大喜。第二兵团现驻防地域包括河南湖北大部和安徽西部。该兵团负有向南进攻两湖向西攻略陕南汉中地区以及控制出川峡口的战略任务。
以原刘奋战第二师为基本组建第三兵团原淮河军分区部队划入该兵团。兵团下属三个师总兵力约4万人淮河舰队及未来的长江舰队暂归该兵团指挥。驻防区域从苏北到安徽的长江以北地区。负有牵制当面敌人并在必要时渡江攻取南京、安庆等要地并进军江西、浙江等地区的任务。刘奋战任司令员秋永年任政治委员。
以秦雄第三师为基干组建第四兵团辖四个师及黑龙江舰队。总兵力4万人。负责东北老三省、新三省以及千岛群岛的防务。
以齐岳的第四师为基干组建第五兵团下辖三个师。总兵力约2万5千人。现防区为关中及陕北、宁夏。渭河快艇大队以及冯果航空队暂由该兵团指挥。这是一个唯一水6空兵种齐全的部队。特别是冯果航空队不仅补充了5o名动力伞兵还把试飞完成的12架双翼轻型螺旋桨飞机
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