禅大师号召拯救黄教，率一万部队跨过沙漠攻入青海，打败了已拥有四万部众的绰克图（却图汗）；绰克图身死，部众成为图鲁拜琥（顾实汗）的战利品，图鲁拜琥（顾实汗）有了争夺藏区的资本。
崇祯十三年，图鲁拜琥（顾实汗）带着势力大增的和硕特部，攻入朵甘思宣慰司打败了白利土司，占领青海、朵甘思宣慰司，成为西北事实上的老大。
图鲁拜琥（顾实汗）从朵甘思宣慰司回青海休整后，于崇祯十四年向红教的最后堡垒西藏出兵；崇祯十五年，孤立无援的藏巴汗打扒在地，藏巴汗噶玛迥旺波被缝入生牛皮，丢入河里活活淹死，噶玛王朝灭亡。
桑珠孜（今日喀则）的宫殿也被拆毁，材料被运回拉萨，重建了毁于战火的布达拉宫，又扩建大昭寺，扶持了“达来”的势力；图鲁拜琥在西藏各处屯兵，控制了整个藏区和青海，和硕特汗国建立。
事情到这里，其实还没完，准噶尔部还没崛起呢！
准噶尔部首领巴图尔洪在青海之战后，带着其它三部回到伊犁河谷建城，准备攻打新疆南部的死敌叶儿羌汗国。
杜尔伯特部和留下的土尔扈特部无力与准噶尔部为敌，先后依附准噶尔部。
势力增强的准噶尔部到处征战，打败叶儿羌汗国，接着又打败中亚的哈萨克和塔吉克各族，成为西域的霸主，卫拉特蒙古到这实际已解体。
和硕特汗国和准噶尔部先后向满清进贡称臣，实际与乌斯藏、朵甘思宣慰司向明进贡称臣一样，为藩属国，并未实际控制。
准噶尔部首领巴图尔洪死后，其五子僧格继位，继续扩展版图，与俄罗斯支持的哈萨克人激战；直到1670年，被异母兄车臣台吉和卓特巴巴图尔合谋杀害，两位主谋不久也陷入仇杀中，并相继战死。
在西藏的葛尔丹回到伊犁继承汗位，准噶尔部在他手上发挥威力，终于灭了世仇叶儿羌汗国，随后又打败盟友和硕特汗国，建立了准噶尔汗国。
葛尔丹此举，不仅打破了西北蒙古各部的平衡，也威胁到满清腹地河西走廊和甘肃。
满清某位“雄主”决定教训这位崛起的蒙古汗国，前后三次出征准噶尔汗国，最终在第三次征讨中，葛尔丹战败自杀。
僧格的儿子策妄阿拉布坦继承汗位，开始象满清示好，换来喘息的机会；准噶尔汗国在新汗王手里又一次恢复强大，达到鼎盛阶段，继续和满清死磕。
双方一直打到另一位满清“雄主”继位，乾隆二十五年（1760年），准噶尔汗国才真正灭亡，西北所有的蒙古部落才最后落入满清怀抱，西藏和新疆也就是那时可以说是中国的领土。
那时离崇祯三年（1630年）已经一百三十年，俄罗斯翻过乌拉尔山也有一百六十年了。
准噶尔汗国处于东西两大势力的夹击状态，与两方都处于战争状态，最终的灭亡在也是在所难免。
上面这些就是西北蒙古各部大概的历史恩怨，至于归化城的土默特部顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙）与林丹汗察哈尔部恩怨，前期已简单描述，就不在多说。
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