派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的，袁崇焕擅杀大将，是严重的侵犯了君权。
他心中考虑措辞，一时便不答话。袁崇焕皱眉道：“如何？”桓震一醒，咬了咬牙，心想毛文龙这个隐患，终究不能不除，否则辽兵军纪日下，哪里还能打仗？况且皮岛是海上交通要道，靠近朝鲜，就像打入后金腹地的一颗钉子，本来是一个战略要地，在毛文龙手里却成了收取来往商船买路钱的一个收费站，怎能不叫人恼火！
可是他在皮岛上的个人势力很是庞大，据说将领有七八成倒是姓毛的，那并非毛氏宗族繁旺，却都是拜在他门下的义子义孙。轻易诛杀毛文龙，万一引起岛上军心动荡，那怎么办？袁崇焕在日固然镇压得住，他一去之后，东江不是就反了么？
他将种种利弊，力陈给袁崇焕知道，劝他不可着急动手。袁崇焕沉吟良久，这才叹道：“本院并非不曾预及此处，然而军纪不肃，何以复辽？整肃辽东军纪，必从皮岛着手。本院初任辽东，事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。”桓震默然，袁崇焕也是有他的道理在，想了一想，只得劝他暂缓下手，等待广义战事稳定之后再议不迟。
袁崇焕思索半晌，也觉倘若皮岛形势不稳，自己也不能安心作战，当下就依了他，又吩咐一番训练炮兵的事宜，便叫他回觉华岛去。
桓震回去之后，立刻着手安排组建两个炮营，所用士兵都是宁远、锦州两地辽东籍的青壮，一营五千人，八百门炮，六人操作一门，余下二百人负责补给。所用之炮有两种，一种车载红夷炮共三百门，另一种是车载佛郎机炮五百门，都是重型滑膛炮。此外，二百补给兵每人配备一支佛郎机手炮。拉炮需要马匹，桓震七拼八凑，也只凑起了三千多匹，仅够装备一个营。又不能抢骑兵的马来用，只能等待祖大寿那边与林丹汗谈判的结果，看能否从蒙古人那里得到一些战马。
新年过后，平辽书院按计划开学，招收的主要是山东、河北和辽东本地的工匠后代，也有一些愿意从军的读书人。茅元仪自然是山长了，教师全是火器局中的熟练工匠。桓震百忙之中，仍然抢过了几何课程来讲，特别是将几何知识同火炮瞄准技术融合在一起，培养学以致用的人才。
皇太极那边，收到袁崇焕的回信，要他去帝号复称大汗，才有谈和的余地，他议和心切，当即回信表示同意袁崇焕的要求，但却要明朝廷赐他汗印，正式承认他大汗的地位。袁崇焕再次回信，说要上奏朝廷，请他等待。双方书信往来，相互磋磨，不觉三四个月就过去了。
祖大寿联络林丹，要用火器换取他的马匹，林丹汗一口应承，他也知道努尔哈赤是大炮轰死的，自己有了大炮，难道就不能将皇太极也轰死了么？可是祖大寿再邀他夹攻广义，他却没有答应，那时林丹部方经大战，实在没有实力去与后金铁骑为敌，何况林丹也不愿一下子站到明朝这一边，明朝胜利固然是好，但若败了呢？皇太极难道不会同自己秋后算帐么？何况即便明朝胜了，自己取了广义以北的地方，也没有法子拦住皇太极再来夺取，反倒要费心守卫，实在得不偿失。祖大寿百般诱惑，见他不为所动，只得罢了。回报袁崇焕，最终以一门炮换二百匹马，总共换了六千匹蒙古好马，还要林丹负责替明军训练三千骑兵。蒙古马身矮力大，正好用来拉炮，六千匹马中的二分之一，便分给了桓震。这一来两个炮营就完全建立起来了，士兵经过几个月训练，也都成了操炮的好手，只差实战检验一番。
到了四月，春夏之交，正是用兵的季节，大凌河经过扩建，规模至少比原先大了一倍不止，两个炮营共一万人和六万宁远兵就驻扎在此。另外还有五万军驻小凌河，七万军驻锦州，粮草也都运到了锦州囤积。大凌河北筑起了工事，明军的战略部署基本完成，只看机会，就可以出击了。
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