为了有效地管理国家也为了替子孙万代奠定基业秦始皇吸取了战国时期设置官职的具体经验建立了一套相当完整的中央集权制度和政权机构。
中央机构
中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相有左右二员掌政事。太尉掌军事不常置。御史大夫是丞相的副2掌图籍秘书监察百官。
丞相、太尉、御史大夫以下是分掌具体政务的诸卿其中有掌宫殿掖门户的郎中令掌宫门卫屯兵的卫尉掌京畿警卫的中尉掌刑辟的廷尉掌谷货的治粟内史掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的少府掌治宫室的将作少府掌国内民族事务和外事的典客掌宗庙礼仪的奉常掌皇室属籍的宗正掌舆马的太仆等。丞相、太尉、御史大夫与诸卿议论政务皇帝作裁决。
在此之外秦代还有一些比较重要的官职比如博士—“掌通古今”即通晓古今史以备皇帝咨询同时负责图书收藏；典属国—与典客一样主管少数民族事务不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；詹事—管理皇后和太子的事务；将作少府—负责宫殿建造。
秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构以后一直被历代王朝所仿效。其中汉代的“三公九卿”基本上是照搬秦制。
地方机构
秦始皇统一六国后采纳李斯的建议废除分封制改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。
郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守并典兵
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